Die Story nimmt ihren Anfang, als der Top-Privatdetektiv Harry Goodman auf mysteriöse Art verschwindet, woraufhin sein 21 Jahre alter Sohn Tim (Justice Smith) sich aufmacht, um herauszufinden, was geschah.

Unterstützt wird er von Harrys früherem Pokémon-Partner Pikachu: einer wahnsinnig komischen, frotzelnden, liebenswerten Super-Spürnase, die sich selber nicht versteht. Als sie erkennen, dass sie auf eine einzigartige Art und Weise miteinander kommunizieren können, schliessen sich Tim und Pikachu zusammen und begeben sich auf ein packendes Abenteuer, um die geheimnisvollen Machenschaften zu entwirren.

Auf der Jagd nach Hinweisen in den neonbeleuchteten Strassen von Ryme City – einer wuchernden modernen Metropole, in der Menschen und Pokémon Seite an Seite in einer hyperrealistischen Live-Action-Welt leben – treffen sie auf diverse Pokémon und decken eine schockierende Verschwörung auf, die die friedliche Koexistenz beenden könnte und das gesamte Pokémon-Universum in Gefahr bringt.