Während des Zweiten Weltkriegs erleidet der junge Mahito Maki eine herzzerreissende Familientragödie. Kurz darauf muss er aufs Land ziehen, wo sein Vater in einer Firma arbeitet, die Flugzeuge für das japanische Militär herstellt.

Einsam beginnt Mahito die geheimnisvollen Landschaften zu erkunden. Dabei begegnet er einem Graureiher, der sich hartnäckig an seine Fersen heftet, und stösst auf einen verlassenen Turm. Neugierig geworden, betritt er diesen: Es eröffnet sich ihm eine wundersame, verblüffende Fantasiewelt.