Thomas (Dylan O’Brien) wacht auf einer Lichtung auf und kann sich an nichts mehr erinnern – ausser seinem Vornamen. Bald erfährt er, dass dieser fremde Ort inmitten eines Labyrinths liegt, aus dem es keinen Ausweg zu geben scheint. Aber Thomas ist nicht allein. Mit ihm sind viele andere Jungen im Labyrinth gefangen, die ebenfalls ihr Gedächtnis verloren haben. Gemeinsam versuchen sie einen Weg in die Freiheit zu finden und das unheimliche Geheimnis zu lüften, wer sie hergebracht hat und warum?