Im Jahr 1944, kurz nach dem Ende des Spanischen Bürgerkriegs, reist die junge Ofélia (Ivana Baquero) mit ihrer hochschwangeren Mutter in ein abgelegenes Landhaus. Dort kommandiert ihr brutaler Stiefvater Captain Vidal (Sergi López) eine Einheit, die den letzten republikanischen Widerstand in den umliegenden Wäldern zerschlagen soll.

Während sich die Realität durch Gewalt und Angst verdichtet, entdeckt Ofelia in der Nähe des Anwesens ein verborgenes Labyrinth. Dort begegnet sie einem rätselhaften Faun (Doug Jones), der ihr eröffnet, sie stamme aus einer vergessenen Unterwelt.

Um dorthin zurückzukehren, müsse sie drei Aufgaben erfüllen. Zwischen militärischer Repression, der sich verschlechternden Gesundheit ihrer Mutter und den Prüfungen des Fauns beginnt für Ofélia eine gefährliche Reise an der Grenze zwischen Fantasie und Wirklichkeit.