In der Fortsetzung von Rise of the Planet of the Apes kämpft eine Gruppe von Wissenschaftlern mit allen Mitteln um ihr Leben, das von einer Seuche bedroht wird. Die wurde von den genetisch weiterentwickelten Affen ausgelöst, die aus ihren Käfigen ausgebrochen sind und in den Wäldern San Franciscos leben. Angeführt werden sie vom intelligenten Schimpansen Caesar (Andy Serkis) und es kommt schon bald zu einem erbitterten Krieg zwischen ihnen und den Menschen um die Vorherrschaft auf der Erde.