Der bankrotte Puppenspieler Craig Schwartz lebt mit seiner Frau Lotte und seinen Haustieren in einer Kellerwohnung in New York. Um etwas Geld dazu zu verdienen, nimmt Craig einen Job als Aktensortierer an. In seinem Büro entdeckt er eine geheime Tür, die in einen Tunnel führt. Wer in diesen Tunnel krabbelt, erlebt einen aufregenden Trip in den Kopf von John Malkovich ...