Die Enterprise von Captain Kirk (Chris Pine) wird waehrend einer Mission von einem neuen Feind angegriffen.

Der Schaden ist so gross, dass die gesamte Besatzung notevakuiert werden muss.

Auf fremden Terrain machen sie mit neuen Leuten wie Jaylah (Sofia Boutella) Bekanntschaft, die ebenfalls von den Angriffen betroffen sind.

Obwohl die Lage sehr ernst ist, unternimmt nicht jeder gleich viel, um sein Leben und das der anderen zu retten. So zum Beispiel Realist Spock (Zachary Quinto).

Nur sein Kumpel Bones (Karl Urban) kann Spock jetzt noch zu Vernunft bringen und ihm zeigen, wie lebenswert das Leben wirklich ist...