Die Menschen setzen ihre ganze Hoffnung auf Jupiter Jones (Mila Kunis), dass sie es schafft, auf der Leiter der Evolution und in der Hierarchie der unzähligen Spezies des Universums ein wenig aufsteigen. Caine (Channing Tatum), ein genetisch veränderter Ex-Söldner, kommt auf die Erde, um nach ihr zu suchen. Schon bald merkt sie, dass sie die Auserwählte ist, die das Gleichgewicht im Universum wieder herstellen kann. Doch ihre Mission ist nicht ganz ungefährlich: Die intrigante, machtbesessene Königin des Universums sieht Jupiter Jones als Bedrohung ihrer Herrschaft und will sie so schnell wie möglich aus dem Weg räumen lassen. Der Kampf zwischen den beiden beginnt.